Лаборатория лекарственной токсикологии организована в 1999 году на базе лаборатории патофизиологии, которая была создана как самостоятельное научное-исследовательское подразделение в 1979 году в составе отдела психофармакологии, а в 1988 году преобразована в самостоятельную лабораторию патофизиологии.

Сотрудники лаборатории принимали активное участие в разработке и внедрении в практику здравоохранения новых лекарственных препаратов - «Пирроксан», «Бутироксан» и «Аминостигмин» (последний совместно с Институтом военной медицины МО РФ).